フリーブログでは「ユーザーID」+「フリーブログ運営会社のドメイン」となってしまいますが、独自ドメインは自分で申し込んで取得をするので、当然ながら自分専用のドメインということになります。
参考までにフリーブログで有名な、Ameba、jugem、FC2、ライブドアブログなどのURLを確認すると次のようになっています。
<Ameba>
http://ユーザーID.jugem.jp/
<jugem>
http://ameblo.jp/ユーザーID/
<FC2>
http://ユーザーID.blogXXX.fc2.com/
<ライブドアブログ>
http://blog.livedoor.jp/ユーザーID/
ユーザーIDの位置が各フリーブログで微妙に違っていますが、基本となるドメインは共通で使われていることがわかると思います。ドメインはサイトの住所ともいえるものなので、それが人と共通では(特にアフィリエイトとして)差別化ができませんから、自分専用のドメインを取得するのはとても意味のあることです。