SEOとは「検索エンジン最適化」の略になりますし、様々なところで語られているので、なんとなく聞いたことがあると思います。
独自ドメインで運用した場合検索エンジンに対して(フリーブログと比較して)有利な部分は大きなところで次の3つになります。
・受けた非リンクはすべてそのサイトのものになる
・同一ドメインの検索結果表示数に影響されない
・ドメインを育てると資産になる
それぞれについて詳しく
<受けた非リンクはすべてそのサイトのものになる>
検索エンジン対策でもっとも重要なことが「非リンク(他のサイトからのリンク)」だと言われています。しかしこの非リンクはドメインごとで見ているため、フリーブログで運営していると自分のサイトに非リンクをもらってもフリーブログのドメインが有利になるだけです。
しかし、独自ドメインでサイトを運営した場合は(検索エンジンに対して有利になる)非リンクはすべて自分のサイトのものになります。
<同一ドメインの検索結果表示数に影響されない>
日本で最も使われている検索エンジンであるGoogleでは、1つの検索結果ページに同一ドメインが表示される件数を制限しています。
表示件数については諸説ありますが、自分がメインブログとして書いている「ジャンクワードの森」を検索すると、検索結果には4ページしか表示されませんでした。
※AdWordsの結果とは別になっています。
したがって、フリーブログでサイトを運用している場合同じキーワードで検索された場合、上位4サイト(検証結果からの数です)までしか表示されず、それ以外のサイトは検索では表示されることはありません。これはアフィリエイトサイトの運営では致命的なことだと思います。
しかし、独自ドメインでサイトを運営した場合は、同一ドメインでの検証結果表示数にはまったく影響されずにすみます。もちろん他のサイトとの競争はありますけど。
<ドメインを育てると資産になる>
Googleなどの検索エンジンではドメインの年齢、検索結果表示数など、ドメインに関わることも評価の基準としています。そのため、同じドメインを長くそして大切に使用していくことでドメインの価値があがることになります。
そういった意味でもドメインの取得は早いほうが有利だと言えます。